資訊平台整體架構簡示如下圖，主要包含四大部分：入口網站、核心管理系統、生物資訊分析平台與實驗室資訊管理系統。
- 入口網站
入口網站中將針對計畫內容、時程及各分項的工作重點做介紹，並提供與生物資料庫相關的最新資訊與常見問題解答，讓民眾對台灣生物資料庫有更清楚的瞭解。
- 核心管理系統
核心管理系統是由安全管理機制所控管，其功能包含個案管理、文件管理、檢體與樣本管理、資料搜尋與整合及平台管理。
- 個案管理—受試者針對不同研究計畫必須簽署不同的受試者同意書(即為告知後同意書)，因此個案管理系統是用來管理受試者個案的基本資料和所簽署的告知同意書。
- 文件管理—台灣生物資料庫計畫將會產生許多的文件，所以該系統將管理與收案流程相關的標準操作程序(Standard
Operating Procedure，SOP)文件，以及計畫辦公室與各分項工作小組間聯繫所產出的各式文件。
- 檢體與樣本管理—本計畫將收集受試者的血液、尿液或血卡，這些收集到的血液、尿液及血卡稱為檢體，檢體管理系統將追蹤檢體收集進程及運送過程。檢體經過實驗室處理後稱為樣本，例如從血液檢體中抽取出的DNA。樣本管理系統之功能為紀錄各種樣本的儲存地點及使用狀況。
- 資料整合與搜尋—資料整合的目的在於將計畫研究人員會使用的資料庫(公共領域(public
domain)資料庫、既存資料庫或資料)整合在一起，並提供搜尋介面讓研究人員可做整合性資料的查詢。
- 平台管理—本平台管理系統將配合平台安全控管機制，來提供整個計畫內的系統一套統一的管理機制。平台管理系統將採用單一簽入(single
sign-on)的機制，讓使用者只要登入一次就可以依照其擁有之權限，管理不同的系統。
- 生物資訊分析平台
台灣生物資料庫的主要應用為促進基因體學的研究，但是基因的原始資料未經過統計分析前只是一些數據，因此在本系統平台中將建構生物資訊分析平台，包括一些基因型分析、臨床資料統計分析與資料探勘的工具來處理這些基因資料。
- 實驗室資訊管理系統
實驗室內需要整合的資訊很多，如：實驗的標準操作程序(Standard
Operating
Procedure，SOP)、實驗數據，樣本資料、儀器資料、試劑庫料等。因此實驗室資訊管理系統，是以電腦資料管理的方式來取代人工登錄方式，有效降低文書作業及節省人力資源，來協助實驗資料的同步化與自動化，並符合實驗室認證系統(如：Good
Lab Practice，GLP)，藉以提升實驗的流程與效率。
